Ατομικά μπριάμ με φέτα και καραμελωμένα κρεμμύδια

Καραμελωμένα κρεμμύδια: Σε μια φαρδιά και ρηχή κατσαρόλα ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε χαμηλή φωτιά και σοτάρουμε τα κρεμμύδια για περίπου 20 λεπτά, ανακατεύοντας τακτικά με μια ξύλινη κουτάλα, μέχρι να καραμελώσουν. Αποσύρουμε από τη φωτιά και ρίχνουμε λίγο πιπέρι.Μπριάμ:Απλώνουμε τις φέτες ντομάτας σε ένα σουρωτήρι, τις αλατίζουμε ελαφρώς και τις αφήνουμε κατά μέρος για 15 λεπτά, μέχρι να αποβάλλουν τα περισσότερα υγρά τους, τα οποία πετάμε. Αλατίζουμε τις φέτες μελιτζάνας, τις αφήνουμε και αυτές για 15 λεπτά να αποβάλλουν την πικράδα τους και τις στύβουμε καλά με τα χέρια. Τις αφήνουμε στην άκρη.Ρίχνουμε σε ένα μεγάλο μπολ τις φέτες των κολοκυθιών και τις πιπεριές, 2 κ. σ. από το λάδι, το μισό θυμάρι, λίγο αλάτι και ανακατεύουμε καλά.Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 180? C. Μοιράζουμε τα καραμελωμένα κρεμμύδια σε 6 ατομικά πυρίμαχα ή πήλινα σκεύη και σκορπίζουμε από πάνω λίγη θρυμματισμένη φέτα (δεν τη ρίχνουμε όλη).Στρώνουμε από πάνω τις φέτες των λαχανικών εναλλάξ, έτσι ώστε να μισοσκεπάζει η μία φέτα την άλλη. Φροντίζουμε ώστε σε κάθε σκεύος να έχουμε βάλει από όλα τα λαχανικά και ενδιάμεσα σκορπίζουμε λίγη από τη θρυμματισμένη φέτα. Ανακατεύουμε σε ένα μπολ το υπόλοιπο θυμάρι, όση φέτα έχει απομείνει και το υπόλοιπο ελαιόλαδο και μοιράζουμε το μείγμα στα σκεύη, τα οποία σκεπάζουμε με αντικολλητικό χαρτί. Ψήνουμε για 1 ώρα, ξεσκεπάζουμε και συνεχίζουμε το ψήσιμο για 10 λεπτά ακόμα ή μέχρι να ροδίσουν.